富士五山のひとつで、康永3年(1344)に日代が開創したとされる。日代は、河合郷(長貫)に生まれ、日興の弟子となり北山本門寺を継いだが、北山の石川氏等と不和となったため西山に移り、大内安清(安浄)の助力を受け西山本門寺を開いたという。江戸時代になると、公家・大名等の援助を受け、多数の坊や堂が整えられた。現在、寺には、「紺紙金字法華経」(国指定重要文化財)や「日蓮遷化記録」(同)などの貴重な文化財が伝わる。また、境内にはヒイラギ(静岡県指定天然記念物)やシダレマキ(富士宮市指定天然記念物)等の巨木があり、寺院の歴史を物語っている。